Spillet starter med et underligt fænomen, hvori en anden Jord dukker op i himlen. Nysgerrigheden og frygten for en dobbeltgængerplanet iværksætter flere missioner i håb om at få kontakt med den duplikerede Jord. Et team af agenter, astronauter og forskere blev sendt 955,600 mil gennem rummet af NASA og US Militæret, men alt kontakt er forsvundet et par timer efter deres ankomst. Du spiller en marinesoldat kaldet ”Jake” som er sendt på en mission for at skaffe enhver research og data efterladt af det originale undersøgelsesteam, mens han kæmper mod fjendtlige kræfter.